Allianoi Antik Kenti, tarih boyunca farklı medeniyetlere ev sahipliği yapmış ve her dönemde önemli bir yerleşim alanı olmuştur. Prehistorik dönemden başlayarak Helenistik, Roma, Bizans ve Osmanlı dönemlerine kadar uzanan bu zengin tarih, kentteki kalıntılarda ve yapılan kazılarda kendini göstermektedir. Özellikle şifalı su kaynaklarıyla ün kazanan Allianoi, antik dünyanın sağlık anlayışını ve mimari becerisini yansıtan bir merkez olarak dikkat çekmektedir.

Allianoi Antik Kenti'nin tarihçesi şu şekilde özetlenebilir:

• Prehistorik Dönem. Allianoi'un batısındaki orman arazisinde yapılan kazılarda, Erken Tunç Çağı II'ye ait Yortan kabı ve çakmak taşı eserler bulunmuştur.
• Helenistik Dönem. Bu dönemde sıcak su kaynağının değerlendirildiği küçük bir termal merkez olduğu sanılmaktadır.
• Roma Dönemi. M.S. 2. yüzyılda, Anadolu'daki birçok merkezde olduğu gibi Allianoi'de de büyük bir bayındırlık faaliyeti yaşanmıştır. Ilıcanın yanı sıra köprüler, caddeler, sokaklar, insulalar, geçiş yapısı, propylon ve nympheum bu dönemde planlanmıştır.
• Bizans Dönemi. Allianoi'da yoğun yerleşimin görüldüğü dönemdir. Roma dönemine ait heykeltıraşlık eserleri ve mimarlık kalıntıları tahrip edilerek, devşirme malzeme olarak kullanılmıştır.
• Osmanlı Dönemi. Osmanlı döneminde Paşa Ilıcası, Aydın Salnameleri'nde zikredilmiş, ancak yoğun bir şekilde kullanılmamıştır.
• Günümüz. 1998'den itibaren yapılan kazılarla büyük bir bölümü toprak altından çıkarılan Allianoi, 2001'de I. Derecede Arkeolojik Sit Alanı ilan edilmiştir.

Allianoi, Sağlık Tanrısı Asklepieos’a adanarak yapılmış bir sağlık kültüdür ve M.Ö. II. Yüzyıl’dan M.S. II. Yüzyıl’a kadar kullanıldığı çıkarımsanmaktadır.