Alanya Kalesi, Selçuklu Devleti'nin 13. yüzyıldaki etkisiyle önemli bir askeri ve ticari merkez haline gelmiştir. Bu tarihlerde kale, sadece savunma amaçlı değil, aynı zamanda denizcilik faaliyetlerinin merkezi olarak da kullanılmıştır. Selçuklu Sultanı I. Alaaddin Keykubat’ın liderliğinde gerçekleştirilen imar çalışmaları, kalenin stratejik önemini artırmış ve bölgedeki hakimiyetin pekişmesine katkı sağlamıştır.

Alanya Kalesi, Selçuklu döneminde (13. yüzyıl) şu şekilde kullanılmıştır:

• Savunma ve imar faaliyetleri: Selçuklu Sultanı I. Alaaddin Keykubat, kaleyi yeniden inşa ettirmiş, eski surları sağlamlaştırmış ve yeni sur hatları inşa ettirmiştir.
• Tersane ve denizcilik: Keykubat, Alanya'da bir tersane inşa ettirerek Selçuklu'nun Akdeniz'deki deniz gücünü artırmış ve "İki Denizin Sultanı" unvanını almıştır.
• İçkale'nin kullanımı: İçkale, askeri ve idari merkez olarak kullanılmıştır.
• Dini yapılar: Selçuklu döneminde, Akşebe Sultan adına mescit ve türbe, Andızlı Camii ve Selçuklu Hamamı gibi yapılar inşa edilmiştir.

Alanya Kalesi, Selçuklu döneminden itibaren kesintisiz yerleşim görmüş ve farklı dönemlere ait yapılar bir arada korunmuştur.