Akşehir Gölü, doğal güzellikleri ile birlikte ekosistem açısından büyük bir öneme sahiptir. Bu göl, hem yerel hem de uluslararası düzeyde biyolojik çeşitliliği destekleyen bir habitat sunarak, çeşitli canlıların yaşam alanı haline gelmiştir. Su kuşları için kritik bir üreme ve beslenme alanı olan Akşehir Gölü, çevresindeki sazlıklar sayesinde kuş türlerinin korunmasına yardımcı olmaktadır. Ayrıca, gölde bulunan balık türleri, bölgedeki ekosistemin sağlıklı bir şekilde devam etmesine katkıda bulunmaktadır.

Akşehir Gölü'nün ekolojik önemi şu şekilde özetlenebilir:

• Ornitolojik önem: Göl, Eber Gölü'nde üreyen, beslenen ve konaklayan kuş türleri için önemli bir alandır. Geniş sazlıklar, su kuşları için kuluçka alanı, beslenme ve sığınma yeri olarak son derece uygun bir ortam oluşturur.
• Biyoçeşitlilik: Göl, sazan ve turna gibi ticari önemi olan balık türlerinin yanı sıra beş balık türüne daha ev sahipliği yapar.

Akşehir Gölü, 1992 yılında 1. derece doğal sit alanı olarak ilan edilmiştir. 2006 yılında Çevre ve Orman Bakanlığı öncülüğünde “Akşehir-Eber Gölleri Sulak Alan Yönetim Planı” başlatılmış, su dengesi, biyolojik çeşitlilik, su kirliliği ve alternatif geçim kaynakları üzerine stratejiler geliştirilmiştir.